سلام. با استفاده از ffmpeg میتونید براحتی فایلها رو تبدیل کنید مثال پایین تبدیل mp3به ogg هست:

<?php
    $ffmpeg = exec('which ffmpeg');
    $ffmpegcmd = $ffmpeg." -i test.mp3 -acodec libvorbis test.ogg";
    echo $ffmpegcmd;
    exec($ffmpegcmd);
    ?>