سلام. با استفاده از ffmpeg میتونید براحتی فایلها رو تبدیل کنید مثال پایین تبدیل mp3به ogg هست:
<?php
$ffmpeg = exec('which ffmpeg');
$ffmpegcmd = $ffmpeg." -i test.mp3 -acodec libvorbis test.ogg";
echo $ffmpegcmd;
exec($ffmpegcmd);
?>