string natije = textBox1.Text;
int i = natije.Length;
while (i > 3)
{
natije = natije.Insert(i - 3, ",");
i -= 3;
}
textBox2.Text = natije;

روشی دیگر برای 3رقم 3 رقم جدا کردن اعداد
lblPayment.Text = string.Format("{0:N0}", 123456);